1. Lo svolgimento dei Giochi è coordinato, a livello nazionale, dalla Commissione organizzatrice nazionale, di seguito denominata «Commissione», composta da rappresentanti del Ministero dell'istruzione e del merito, dei Dipartimenti per lo sport, per le politiche giovanili e il servizio civile universale e per le politiche in favore delle persone con disabilità della Presidenza del Consiglio dei ministri, della società Sport e salute Spa, del CONI e del CIP.
2. La Commissione, nel rispetto del decreto di cui all'articolo 2, comma 4, ha il compito di redigere i regolamenti annuali per lo svolgimento dei Giochi e di individuarne le sedi di svolgimento, d'intesa con le Commissioni organizzatrici di cui al comma 4, in modo da garantire che i Giochi medesimi si tengano negli impianti dei comuni maggiormente qualificati a livello territoriale e nazionale nelle discipline oggetto di competizione.
3. Con decreto del Ministro dell'istruzione e del merito, di concerto con l'Autorità politica delegata in materia di sport, previa intesa in sede di Conferenza unificata di cui all'articolo 8 del decreto legislativo 28 agosto 1997, n. 281, sono definiti la composizione, l'organizzazione e il funzionamento della Commissione, nonché la sua articolazione in Commissioni organizzatrici regionali e delle province autonome.
4. Le Commissioni organizzatrici di cui al comma 4 organizzano annualmente, presso la Presidenza della regione, una celebrazione volta alla consegna dei diplomi d'onore agli studenti che abbiano raggiunto il podio almeno in una disciplina delle fasi provinciali e regionali dei Giochi.