L'effetto degli antibiotici sul microbiota intestinale varia al variare della molecola utilizzata, probabilmente in base al suo spettro d’azione.
Molecole ampiamente utilizzate come Amoxicillina, Cefalosporine e Macrolidi, dopo una singola terapia apportano cambiamenti al microbiota intestinale per oltre 30 giorni, mentre Chinoloni e Clindamicina provocare disbiosi per quasi 2 anni.
Tra tutti gli antibiotici analizzati, la Rifaximina sembrerebbe la molecola meno dannosa per il consorzio microbico intestinale, purtroppo però, in tutti i casi si assiste sempre ad una riduzione dei Bifidobatteri che risultano i più sensibili agli antibiotici.
Anche se somministrato per un tempo molto limitato, l’antibiotico ha un impatto importante sul microbiota intestinale.
I bifidobatteri e i lattobacilli sono i primi a subire drastiche riduzioni anche in seguito a una singola dose di antibiotico.
L’attività antibiotica della Rifaximina è rilevabile anche su batteri non patogeni come il genere Bifidobacterium spp.
Akkermansia muciniphila, specie batterica che il compito di ridurre la permeabilità intestinale proteggendo la mucosa, viene drasticamente ridotta dopo un singolo ciclo di Rifaximina.