Non si devono prendere i probiotici se si hanno problemi di salute gravi, come ad esempio un sistema immunitario compromesso, o se si stanno prendendo antibiotici. Inoltre, è importante consultare un medico prima di iniziare a prendere probiotici, specialmente se si hanno condizioni di salute preesistenti o si stanno prendendo altri farmaci. I probiotici non devono essere patogeni, cioè non devono essere dannosi, e devono resistere agli antibiotici e all'acidità dello stomaco e all'azione della bile. È importante introdurne almeno 1 miliardo per ceppo affinché sopravvivano almeno 1 milione di CFU (unità formante colonia)/ml nell'intestino tenue e 100 milioni nel colon. È importante assumere prodotti che contengono probiotici in grande quantità e di diversi ceppi, specie e genere. In caso di disbiosi, possono facilmente insorgere disturbi a carico dell'apparato gastrointestinale, come ad esempio diarrea, stitichezza, irritabilità intestinale nausea, ma anche mal di testa, spossatezza, cattivo umore, problemi orali e fastidi intimi.